Op Agora werken we met een vaste dagstructuur. Coaches zijn vanaf 8:00 uur aanwezig op school. De schooldag start voor alle leerlingen met een dagstart om 9:00 uur. Tijdens de dagstart delen de leerlingen waar ze mee bezig zijn. Ook wordt aan de groepsdynamiek gewerkt en op de actualiteit ingegaan. Regelmatig verzorgen leerlingen uit de coachgroep de dagopening of geven een presentatie.

Na de dagstart werkt iedereen volgens de eigen planning. Twee keer per week staat lichamelijke opvoeding op het programma en vaak zijn er inspiratiesessies van ouders, coaches of externen waar de leerlingen aan mee kunnen doen. Bij hun dagplanning houden ze hier zelf rekening mee. Na de grote pauze is er dagelijks een half uur stiltetijd. De kinderen kunnen dan in alle rust lezen, maar iedere andere vorm van rust en stilte is ook mogelijk. Tijdens dit half uur is het gebruik van digitale middelen  in ieder geval niet toegestaan. De schooldag eindigt om 15:00 uur.